تويت
نشر المسودة الأولى لفهرس كل البروتينات البشرية “البروتيوم”
في أكبر مصدر من نوعه لمجتمع الكيمياء الحيوية: اكتشاف 193 بروتين لم يكن يتوقع علماء الجينات وجودهم
قام الفريق البحثي الأمريكي بقيادة أخيليش باندي، باحث البروتيوميات في جامعة جونز هوبكنز في بالتيمور، ماريلاند، وزملاؤه في معهد المعلوماتية الحيوية في بنغالور، الهند، بتحليل 30 نوع مختلف من الأنسجة، و التي شملت سبعة أنواع من أنسجة الجنين و ستة أنواع من الخلايا الجذعية المكونة للدم.
البروتينات المفهرسة الناتجة من هذه التجارب، تمثل كل البروتينات الناتجة من حوالي 84 في المئة من جميع الجينات البشرية المتوقعة أن ترمز للبروتين. نشر الباحثون نتائجهم على الانترنت، و سوف تكون متاحة أيضا من خلال قاعدة بيانات المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية.
في الوقت نفسه، قام فريق بحثي بقيادة الباحث برنارد كوستر وزملاؤه من جامعة ميونيخ التقنية في ألمانيا، بإنشاء قاعدة بيانات للبروتيوم البشري، و لكن باستخدام نهج مختلف عن مجموعة باندي. إذ بدأوا بتجميع البيانات المتاحة من قواعد البيانات ومساهمات زملاءهم، وملأ ثغرات البيانات عن طريق تجميع بيانات جديدة. قام فريق كوستر بتحليل 60 نوعا من الأنسجة البشرية و 13 نوعا من سوائل الجسم، إضافة إلى 147 نوعا من الخلايا السرطانية. نتائج هذا الفريق فهرست حوالي 92 في المئة من البروتينات الناتجة من الجينوم البشري، ما يقدّر ب 19629 بروتين.
كلا الفريقين قاما بتحليل عينات الأنسجة البشرية عن طريق تنقية خليط البروتينات، ثم تقطيع البروتينات إلى أجزاء صغيرة، و بإستخدام مطياف الكتلة يتم الكشف عن تسلسل الأحماض الأمينية للشظايا البروتينية، و بالكثير من قوة الحوسبة والصبر، يمكن مقارنة هذه الدفعات من شظايا البروتين مع الجينوم البشري لتكوين خريطة، والتي تبين الجينات التي تم التعبير عنها في الأنسجة وأنتجت بروتينات. تشير الدراستان إلى وجود بروتينات ناتجة من مناطق في الحمض النووي لم يعتقد سابقا أنها تترجم، بما في ذلك أكثر من 400 منطقة بين الجينات، كان يعتقد أنها لا ترمز لبروتين و تسمّى (lincRNAs). البحثان كشفا عن 193 بروتين جديد. لكن الأهمية البيولوجية لهذه البروتينات ليست واضحة حتى الآن.
تعمل مجموعة باندي الآن على دراسة بروتيوم الجنين عن كثب، فضلا عن إضافة بيانات تعديل البروتينات إلى قاعدة البيانات الخاصة بهم. يهدف الفريق أيضا إلى وضع خارطة لبروتينات الدماغ البشري التي لم تدرس على نطاق واسع في هذا المشروع.
في أكبر مصدر من نوعه لمجتمع الكيمياء الحيوية: اكتشاف 193 بروتين لم يكن يتوقع علماء الجينات وجودهم
قام الفريق البحثي الأمريكي بقيادة أخيليش باندي، باحث البروتيوميات في جامعة جونز هوبكنز في بالتيمور، ماريلاند، وزملاؤه في معهد المعلوماتية الحيوية في بنغالور، الهند، بتحليل 30 نوع مختلف من الأنسجة، و التي شملت سبعة أنواع من أنسجة الجنين و ستة أنواع من الخلايا الجذعية المكونة للدم.
البروتينات المفهرسة الناتجة من هذه التجارب، تمثل كل البروتينات الناتجة من حوالي 84 في المئة من جميع الجينات البشرية المتوقعة أن ترمز للبروتين. نشر الباحثون نتائجهم على الانترنت، و سوف تكون متاحة أيضا من خلال قاعدة بيانات المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية.
في الوقت نفسه، قام فريق بحثي بقيادة الباحث برنارد كوستر وزملاؤه من جامعة ميونيخ التقنية في ألمانيا، بإنشاء قاعدة بيانات للبروتيوم البشري، و لكن باستخدام نهج مختلف عن مجموعة باندي. إذ بدأوا بتجميع البيانات المتاحة من قواعد البيانات ومساهمات زملاءهم، وملأ ثغرات البيانات عن طريق تجميع بيانات جديدة. قام فريق كوستر بتحليل 60 نوعا من الأنسجة البشرية و 13 نوعا من سوائل الجسم، إضافة إلى 147 نوعا من الخلايا السرطانية. نتائج هذا الفريق فهرست حوالي 92 في المئة من البروتينات الناتجة من الجينوم البشري، ما يقدّر ب 19629 بروتين.
كلا الفريقين قاما بتحليل عينات الأنسجة البشرية عن طريق تنقية خليط البروتينات، ثم تقطيع البروتينات إلى أجزاء صغيرة، و بإستخدام مطياف الكتلة يتم الكشف عن تسلسل الأحماض الأمينية للشظايا البروتينية، و بالكثير من قوة الحوسبة والصبر، يمكن مقارنة هذه الدفعات من شظايا البروتين مع الجينوم البشري لتكوين خريطة، والتي تبين الجينات التي تم التعبير عنها في الأنسجة وأنتجت بروتينات. تشير الدراستان إلى وجود بروتينات ناتجة من مناطق في الحمض النووي لم يعتقد سابقا أنها تترجم، بما في ذلك أكثر من 400 منطقة بين الجينات، كان يعتقد أنها لا ترمز لبروتين و تسمّى (lincRNAs). البحثان كشفا عن 193 بروتين جديد. لكن الأهمية البيولوجية لهذه البروتينات ليست واضحة حتى الآن.
تعمل مجموعة باندي الآن على دراسة بروتيوم الجنين عن كثب، فضلا عن إضافة بيانات تعديل البروتينات إلى قاعدة البيانات الخاصة بهم. يهدف الفريق أيضا إلى وضع خارطة لبروتينات الدماغ البشري التي لم تدرس على نطاق واسع في هذا المشروع.